Primitivamente se encontraba en la Av. del Libertador y Sarmiento, en los terrenos del parque iniciado por Juan Manuel de Rosas. A partir de su primer director, el Dr. Eduardo Holmberg (1888 a 1904) el Zoo adoptó un carácter más científico y se trasladó a su ubicación actual (pleno corazón de la Ciudad de Buenos Aires, en el barrio de Palermo). 
Comprende junto con el Jardín Botánico, el Rosedal y el Parque Tres de Febrero, uno de los más importantes espacios verdes de nuestra ciudad.
El 30 de octubre de 1888 se inauguró el Zoológico de Buenos Aires. Su primer director fue Eduardo Holmberg, un médico con inclinaciones naturalistas, que estuvo al frente del parque durante 15 años. Según su criterio, los animales debían habitar en edificios que respondieran a los estilos arquitectónicos propios de su país de origen.
Sucedió al Dr. Holmberg, Clemente Onelli entre los años 1904 y 1914. Una de sus ambiciones, concretadas durante su dirección, fué el canje de animales con instituciones del resto del mundo. Esto, junto a la tarea dedicada por Carlos Thais en el embellecimiento de la obra arquitectónica, marca una época muy importante en la vida del zoológico.
Luego, Adolfo Holmberg, el nuevo director, decide iniciar un sistema de supresión de jaulas, creando recintos en donde los animales se aislaban del público por fosas o zanjas de seguridad, permitiéndoles mayor libertad de movimientos.
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